Il complesso di San Francesco si sviluppa sui quattro lati del chiostro realizzato tra il 1438 e il 1440. Nei secoli successivi il convento subì notevoli trasformazioni e dei tradizionali ambienti conventuali, l'unico ad essersi conservato nella redazione originaria è il Capitolo, la cosiddetta Cappella Migliorati, contigua alla sacrestia della chiesa. Al Capitolo si accede dal lato orientale del chiostro attraverso un'arcata trecentesca, con cornice bicroma in serpentino e alberese. Fu affrescata da Niccolò Gerini con una maestosa Crocifissione sulla parete di fondo; a destra con le storie di san Matteo; all'opposto con quelle di sant'Antonio abate; imponenti gli evangelisti sulla volta.